Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berdiri dengan dasar Peraturan Menteri Agama RI No. 7 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Salatiga. Selain Program Studi Perbankan Syariah, muncul Program Studi baru pada tahun 2015 yaitu Ekonomi Syariah. Program Studi Ekonomi Syariah berdiri dengan adanya SK Dirjen No. 543 Tahun 2015 tentang ijin operasional program studi. Pada tahun 2016 berdiri pula dua program studi baru yaitu: Akuntansi Syariah dan Manajemen Bisnis Syariah dengan SK Dirjen Pendidikan Islam Kementrian Agama RI No. 1593 Tahun 2017 tentang ijin operasional program studi.
