Lambang Universitas terdiri atas unsur yang memiliki makna:
- Tulisan UIN berbentuk simbol Allah yang melambangkan tauhid;
- Syaddah berbentuk huruf w melambangkan wasathiyyah;
- Tujuh buah sinar melambangkan 7 (tujuh) nilai utama Wasathiyyah Islam yaitu tawassuth, i’tidal, tasamuh, syura, islah, qudwah, dan muwathanah;
- Warna kuning (kode gradasi #EBD181) dan putih (kode gradasi #D3D8E0) melambangkan kejayaan dan kesejahteraan; dan
- di bawah lambang tertulis “UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SALATIGA”.
Jenis huruf pada tulisan Universitas Islam Negeri Salatiga menggunakan font Futura Md BT yang melambangkan ketegasan dan kesan formal, tetapi tidak kaku atau saklek dan mampu menyesuaikan perkembangan, dan karakter huruf tersebut melambangkan kesan dinamis, modernis, elegan, dan konsisten.